A la faveur des mouvements indépendantistes des années 50, chaque colonie française d'Afrique a mis sur pied un certain nombre d'institutions républicaines dont le Conseil Économique et Social. Au Burkina Faso (ancienne Haute-Volta), le CES a été crée, par la loi N° 4/T9/AL du 19 mai 1959 suite à l'adoption de la constitution du 15 mars 1958.
Le 11 février 1962, il fut réorganisé par la loi N°6/62/AN. Le Conseil Économique et Social disparaît en 1966 avec la 1ère République.